指导意见明确，“十二五”期间卫生扶贫工作的主要任务为：
一是巩固完善新型农村合作医疗制度。到2015年，参合率稳定在90%以上，政府补助标准提高到每人每年360元以上，政策范围内住院费用报销比例达到75%左右，基本实现门诊统筹全覆盖。
二是大力加强医疗卫生机构基础设施建设。到2015年，县、乡、村三级医疗卫生服务网络基本健全，每个县重点办好1-2所县级医院(含县中医院)，县级医院的服务能力和水平明显提高，政府在每个乡镇办好1所卫生院，每个行政村有村卫生室。
三是稳步推进基本公共卫生服务逐步均等化。到2015年，人均基本公共卫生服务经费标准达到40元以上，城乡居民健康档案规范化电子建档率达到75%以上，重大传染病和地方病得到有效控制。
四是巩固完善国家基本药物制度。到2015年，巩固完善基本药物制度，实现基层医疗卫生机构全面配备使用基本药物。鼓励公立医院和其他医疗机构优先使用基本药物。
五是全面推进县级公立医院改革。到2015年，县级公立医院改革取得明显成效，服务能力和水平显著提高，力争使县域内就诊率提高到90%左右，基本实现大病不出县。
六是加大卫生人才培养培训力度。到2015年，进一步加强以全科医生为重点的基层医疗卫生队伍建设，完善鼓励全科医生长期在基层服务政策，使每万名城市居民拥有2名全科医生，每个乡镇卫生院都有全科医生。
七是建立健全突发公共事件卫生应急体系。到2015年，形成统一指挥、布局合理、反应灵敏、运转高效、保障有力的突发公共事件卫生应急体系。
八是大力开展卫生信息化建设。到2015年，基层医疗卫生管理信息系统基本覆盖全部乡镇卫生院、社区卫生服务机构和有条件的村卫生室，利用率显著提高。
九是着力扶持中医药(民族医药)事业发展。到2015年，力争95%以上的社区卫生服务中心和90%的乡镇卫生院、70%以上的社区卫生服务站和65%以上的村卫生院室能够提供中医药(民族医药)服务。
十是扎实推进对口支援工作。认真组织实施卫生对口支援规划，努力实现“派出去”与“请进来”相结合、“输血”与“造血”相统一，着力提高贫困地区医疗技术水平和管理服务水平。
