目前，农民专业合作社呈现三大特点：数量快速增长，已经成为我国农村重要的现代农业经营主体；产业分布广泛，涉及种养、加工和服务业，其中种植业约占48%，养殖业达32%，涵盖粮棉油、肉蛋奶、果蔬茶等主要产品生产，并逐步扩展到农机、植保、民间工艺、旅游休闲农业等多领域；能力逐步提升，越来越多的专业合作社从简单的技术、信息服务向农资供应、统防统治服务延伸，由产前产中服务向产后的包装、储藏、加工、流通服务拓展，有的还开始兴办内部资金融通业务。
提高了农业组织化程度。许多合作社以产品和产业为纽带，把单个合作社“小舢板”变成“大舰队”，增强了市场竞争能力。一些地方还集成利用土地、资金、技术等要素，推动了优势特色产业规模扩大和配套产业的形成，有力促进了农业适度规模经营发展。截至目前，合作社转入的土地面积达4488万亩，占到全国耕地流转总面积的16.4%。提供产加销一体化服务的合作社约占49.8%。
提升了农业整体水平。专业合作社的发展，推进了农业生产经营标准化、专业化、集约化和品牌化，推动了农业产业结构调整和优化升级。目前，全国有2.6万家合作社实现了产品质量可追溯，4.6万家合作社注册了商标，有3.1万家专业合作社通过了无公害、绿色、有机等产品质量认证，1523家通过了农产品地理标志认证。
增加了农民收入。一方面，专业合作社统一采购农业投入品和销售农产品，帮助成员实现了节本增效。另一方面，专业合作社自办或参股农产品加工流通企业，增加了产品加工流通环节的增值收益，并按交易量和入社股份向成员返还盈余，进行二次分配。全国已有6007家合作社在63个大中城市设立9591个直销店（连锁店），销售收入达83.3亿元。
创新了农村社会管理机制。一些地方农村推行基层党组织、基层民主组织、经济合作组织、农村维稳组织全覆盖工作模式，健全了农村基层组织群众、宣传群众、服务群众的组织体系，促进了农村经济发展和社会的和谐稳定。据统计，目前约有1.6万家合作社内部建立了党组织，合作社正在成为新形势下党领导农业农村经济工作的重要组织载体。
