自8月8日恒天然启动肉毒杆菌事件独立调查，历时2个多月，10月29日恒天然董事会独立调查出炉。独立调查结果显示，"食用了相关批次浓缩乳清蛋白食品的消费者，从来不曾面临任何肉毒杆菌风险".
独立调查报告指出，浓缩乳清蛋白事件公布后的最初几天，恒天然似乎并没有明确指出召回仅仅是预防性的；它也未向大家道歉；而且传播的语气语调前后并不一致--时而令人担忧，时而轻描淡写。对涉险产品数量预估的不断调整也影响了恒天然在政府官员心中的可信度。世上不乏关于如何在日常运作和危机时刻同利益相关方加强沟通、巩固关系的研究成果和"最佳实践";然而，恒天然的沟通风格和内容都没能体现这种成果和知识的水平。
同时，调查报告也指出："一些外部受访者向调查团队传递了外界对恒天然的某些印象，即以自我为中心--过分关注自己的眼前利益，而对他人的利益以及维系与他人的关系关注不够。任何一个让某些利益相关者产生被忽视感的企业都是有问题的。对于恒天然而言，顶着外界冠予的"国家第一大企业"头衔，这种忽视利益相关者的印象亟需关注和补救。"
"恒天然董事会和高级管理层坚信，在浓缩乳清蛋白事件经过的教训面前，恒天然必须做出改变",调查报告强调。
对此，恒天然公司表示，对董事会独立调查报告表示欢迎。
恒天然首席执行官西奥？史必根思表示，该报告涵盖范围广泛，内容深入，为恒天然管理层提供了重要、深刻的观察分析和建议意见。这次事件是一次艰难的经历，虽然后来证明是虚惊一场，但依然给我们留下了许多教训。
恒天然集团战略总裁马丽？雷兰德强调："我们的当务之急是建立一套乳品安全和质量的全球新标准，从而加强新西兰本国人民对我们的信任，同时也继续巩固我们与客户的关系，并在关键市场中建立良好声誉。"
受恒天然肉毒杆菌召回事件影响，多美滋、可口可乐、雅培3家公司第三个业绩出现明显下滑。
